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Die leicht in den Laufkammern zu beladenen flüssigen Elektrophorese-Gele werden nach dem Abkühlen zu einer halbfesten Matrix. Diese antikonvektiven oder siebenden Medien sind transparent, damit die eingefärbte Probe gut sichtbar ist, und bilden eine poröse Matrix, sodass nach Anlegen eines elektrischen Feldes eine Reihe von Banden erscheint. Anhand der der Zeit, die zur Bildung der Banden benötigt wird, können Größe und Ladung der Fragmente bestimmt werden. Die Verwendung von Elektrophorese-Gelen zur Auftrennung von DNA-, RNA- und Protein-Gemische in den Analyseverfahren der Forschung ist weit verbreitet.
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